故事发生在‘第四次忍界大战’数十年后，火影世界再迎和平繁荣，技术革新与忍者传统交汇。少年叶川一郎误打误撞加入村中最另类的队伍，与奈服麻衣、天野鲸太一同成为第八代火影光子的亲传弟子。三人探案解谜、救死扶伤，在日常爆笑中揭开层层阴谋。背后神秘组织‘百影’虎视眈眈，面具忍者流风图谋搅乱忍界。三卷故事逐步推进，主角团从乌龙少年成长为忍界新生力量，在友情、理想、阴谋与欢闹中演绎新世代传奇，最终共同捍卫忍村、守护心中所信忍道。
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